Tarihçi Prof. Dr. İlber Ortaylı, İstanbul Tophane projesinin Nusretiye Camii'ne ve İstanbul siluetine saygı göstermediğini belirtti. "İstanbul’un Tophane kıyısındaki... Rezalet" başlıklı yazısında Ortaylı, "Hükümet nerede, belediyeler nerede?Hükümet nerede, belediyeler nerede? Ya karşı tarafta Şemsi Paşa Camii’ni kazıkla sarsıyorlar ya da Rumeli yakasında Yazıcı Camii’nin önüne güya martı tipi rıhtımlar yaptılar ve şimdi de Kılıç Ali Paşa Camii ve Nusretiye Camii’ni gölgelemekle uğraşıyorlar! Neyi gizliyorsunuz, niçin gizliyorsunuz? Mimar Sinan’dan daha büyük adamlar mısınız? " diye sordu.
Ortaylı yazısında, “Osmanlı İstanbul’u iki siluetle tanınır, birisi Suriçi’nin Marmara ve Boğaz başından görünüşü, ikincisi de Tophane kıyılarıdır. Buradaki en mühim eserler hiç şüphesiz ki Mimar Sinan’ın iftihar ettiğimiz Kılıç Ali Paşa Camii ki dolgu bir alandır ve Sultan II. Mahmud tarafından yaptırılan Nusretiye Camii’dir. Çok sanatsever ve bilmiş geçinen birkaç kişi ise tarihi İstanbul’u mahvediyorlar.” düşüncesini dile getirdi.
İlber Ortaylı, “Vurdumduymaz halkımızın aldırış etmediği ilk olay burada Adnan Menderes devrinde yapılan Denizcilik Bankası’nın ve limanın gudubet antrepolarıdır. Bu garabet biter sanıyorduk. Bu sefer de ikinci nesil ve siyasilerin bir mucizesi daha ortaya çıktı, Tophane Projesi adını taşıyor. Üçüncü bir projeyi de eczacılıktan çoktan vazgeçen Eczacıbaşı’nın Sanat Müzesi çıkardı.” değerlendirmesini yaptı.