Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu'nun 19 Aralık 2012 tarih ve 1069 sayılı kararı ile medresenin yeniden aslına uygun olarak yeniden inşaasına başlanması uygun bulundu. İstanbul Rölöve Anıtlar Müdürlüğünce 11 Aralık 2017'de Ayasofya Medresesi ilk etap işine başlandı. 31 Aralık 2019'da işin tasfiyesi yapıldı. Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından yapılan ihale sonucu geçen yıl 25 Nisan'da Ayasofya Fatih Medresesi tamamlama işi yer teslimi gerçekleştirildi. O tarihten sonra yeniden inşaası için başlayan çalışmalarda tamamlandı. Bugün yeniden açılan Ayasofya Fatih Medresesi'nin açılışında Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan önemli açıklamalarda bulundu.
Erdoğan burada yaptığı konuşmada şu ifadeleri kullandı:
"Ayasofya'yı asli kimliğinden kopararak müzeye çeviren zihniyet bu medreseye de tahammül edememiştir. Burası şehrin ilk medresesi olarak hizmete açılmıştır. Burada Ali Kuşçu da ders vermiştir. Medrese farklı tarihlerdeki bakım onarım ve inşalarla 1924 yılına kadar eğitim hizmetine devam etmiştir. Daha sonra görüntüyü bozduğu gerekçesiyle yıkılmıştır. Ayasofya'yı müzeye çevrilen zihniyet burayı da yıkmıştır.
Özellikle tek parti zihniyetinin bu konuda sabıkası oldukça kabarıktır. Bu dönemde batılılaşma yolunda atılan adımlar çok yaralar açmıştır. Ayasofya Fatih Medresesi'nde olduğu gibi tarihi eserler yıkılmış içerisindeki nice eserler de kaybolup gitmiştir."