Genç Kalemler yazı heyetini oluşturanlar Balkan Savaşı'nın başlaması üzerine dağılmak zorunda kaldı. Ömer Seyfettin yeniden orduya çağrıldı, Yanya Kuşatması'nda esir düştü. Nafliyon'da geçen 1 yıllık esareti sırasında sürekli okumuştu. "Mehdi", "Hürriyet Bayrakları" gibi hikâyelerini bu dönemde yazdı. Hikâyeleri Türk Yurdu'nda yayımlandı. Esareti süresince gerek okuyarak, gerekse yaşayarak yazarlık hayatı için önemli olacak tecrübeler kazandı.
Ömer Seyfettin’in ölümü ise tam anlamıyla korkunç oldu. Seyfettin, 1920’den şeker hastalığından dolayı Haydarpaşa Hastanesi’ne kaldırıldı. Kadıköy dolaylarındaki evinde yalnız yaşayan Seyfettin’in şeker hastası olduğundan kendisinin bile haberi yoktu. Çünkü o zamanlar ne diyabet ne de insülin biliniyordu.
Seyfettin yemek yiyemiyor, giderek zayıflıyordu. En yakın arkadaşı Ali Canip, Seyfettin ile ilgileniyor, kendi evinden ona yemek taşıyordu. Doktorlar ise bol bol meyve yemesini ve meyve suyu içmesini söylüyorlardı. Seyfettin durumu giderek kötüleşti ve hastanede yattığı süre boyunca gözlerini hiç açamadı. Hastaneye kaldırıldıktan iki hafta sonra hayatını kaybetti.