Selçuklu idaresinde bulunan ülkede Tuğrul Bey aleyhine üvey kardeşi İbrahim Yınal isyan etti ve büyük sayıda Türkmen de bu isyana katıldı. Tuğrul Bey isyancı üvey kardeşi İbrahim Yınal ve Büveyhoğulları orduları ile savaşa girmek zorunda kaldı.
1060 yılında Tuğrul Bey İbrahim Yinal isyanını bastırdı ve Fâtımîlerin eline geçmiş olan Bağdat'ı ele geçirdi. Abbâsî halifesi Kaim'in tekrar Bağdat'a dönmesini sağlayan Tuğrul Bey, halifenin kızı Seyyide Fâtıma el-Betül ile evlendi. Halife Kaim, Tuğrul Bey'e Ruknu ʾd-Din (Dinin direği) ve Malikul-Meşrik ve Magrib (Doğu'nun ve Batı'nın Sultanı) unvanlarını verip onu Sultan ilan etti.